Tout a commencé avec un court-métrage, « Victoria para Chino », réalisé à l’Université de New-York.
Cary Joji Funkunaga s’intéresse à l'immigration clandestine. Le court-métrage fait alors le tour de nombreux festivals en remportant plusieurs prix.

Né de son court, son premier long métrage « Sin Nombre » sort aujourd’hui en salle.
Plus que le voyage Mexique / Etats-Unis devenu un cliché en soi, C.J. Fukunaga choisit de montrer comment les Honduriens, les Guatémaltèques et les Nicaraguayens souffrent le martyr, simplement pour arriver à la frontière mexicaine.

En parallèle des descriptions épouvantables dans lesquelles voyagent ces hommes, ces femmes et ces enfants, il y superpose l'évocation de pays gangrénés par le chômage, la pauvreté et la drogue. De Tegucigalpa à Mexico, il décrit un réseau de violence tissé par la misère sociale où l'endoctrinement des plus jeunes est une des clés de la pérennisation de gangs qui comptent parfois jusqu'à 600 000 membres à travers le monde. Son regard, lui, ne se fixe aucun compromis. Le cinéaste ne s'embarrasse pas d'un discours misérabiliste pesant et lui préfère une pudeur qui confère à son long-métrage une puissance encore plus évocatrice. Le film donne enfin la parole et une identité à ces hommes sans nom qui rêve d'Amérique.

Parrainé par l’acteur et réalisateur mexicain Gael Garcia Bernal via sa société de production et de distribution Canana, « Sin Nombre » a obtenu le Prix de la mise en scène au festival de Sundance 2009 et celui du Jury à Deauville.